海南岛是中国最大的岛屿之一，位于印缅生物多样性热点区域。尽管具有重要的生态意义，但针对海南岛全海岸线关键海洋生物的全面种群遗传学研究尚未见报道。本研究通过分析线粒体COI基因序列，系统研究了海南岛周边广泛分布的马拉邦牡蛎Saccostrea malabonensis的遗传多样性和群体遗传结构，并探讨了地理、环境及人为因素对遗传分化的影响。结果表明，COI基因序列存在显著的AT偏向性，且转换突变为主要突变类型。从480条COI序列中共鉴定出103个变异位点和107个单倍型，单倍型多样性介于0.067-0.782之间，核苷酸多样性为0.00011-0.00278。AMOVA分析显示，86.65%的变异存在于种群内部，而种群间变异占13.35%。16个种群间的平均遗传距离为0.00169，平均遗传分化指数为0.13353。种群结构呈现显著分化特征：陵水的铜海村（THV）群体和港门岭（GMM）群体具有相似遗传结构，而万泉河河口（WQRE）群体和蜈支洲岛（WZZI）群体则表现出不同的进化趋势。聚类分析将480个个体划分为6个亚群。这些发现不仅有助于制定资源保护策略和遗传育种计划，也为理解该牡蛎物种在海南岛的进化历史提供了重要依据。